氏名 : 共田 恭輔 (281667141)
所属 : 笹井研
題目 : 配列-構造の適合度を評価した鋳型に基づくタンパク質構造予測手法の開発
概要 :
タンパク質の立体構造と機能は密接に関係しており、構造情報は創薬分野などにおいて重要な情報となる。しかしながら、実験での構造決定が困難なタンパク質も存在する。そのため、計算機を用いた構造予測手法が求められている。
タンパク質の立体構造予測手法に、鋳型を用いたものがある。この手法はタンパク質間で進化的関係が認められる場合(アミノ酸配列が類似している)に、構造も類似するという経験則を利用した手法である。鋳型は立体構造データベースから選出されるが、近年構造が解析されたタンパク質の数は上昇しており、その中には配列が類似していなくても構造が類似するタンパク質が多数報告されている。従来手法では配列類似度が低い場合には予測精度が著しく低くなるという問題点があるため、こうしたタンパク質を活用可能な構造予測手法の開発が望まれている。具体的には、構造-配列の適合度を評価した進化情報に依存しない予測手法である。
先行研究では二体の相互作用までで適合度が評価されていた。しかし、構造形成の重要な要素である疎水性相互作用(多体の相互作用)は評価されていない。本研究の特徴は予測手法の開発にあたり疎水性相互作用の正当な評価を試みた点である。
本発表では提案手法の説明・進捗・ベンチマークテストの結果・考察を述べる。
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